CIR – Millésime 2019 du guide du MESRI

Début décembre, le Ministère de l’Enseignement Supérieur, de la Recherche et de l’Innovation (MESRI) a publié son édition 2019 du Guide Crédit Impôt Recherche (CIR). Celui-ci paraît alors que le projet de loi de finances 2020 est encore de cours de discussion au Parlement.

Ce guide vise à accompagner les entreprises déclarantes sur les étapes de valorisation, déclaration et justification de leur CIR. Même si ce document n’est pas opposable à l’administration fiscale ni au contribuable et ne saurait se substituer aux textes législatifs et règlementaires, il convient d’en tenir compte dans son processus CIR car il s’avère souvent précurseur des nouvelles positions adoptées par les vérificateurs lors des procédures de contrôle.

Quelles sont donc les nouveautés qu’il faudra garder à l’esprit dans la gestion du CIR ?

En préambule, point important, le guide mentionne que le nouveau modèle de dossier justificatif adopté dans le millésime 2018 n’est pas rétroactif et ne s’appliquera donc pas aux années antérieures. Cette information évacue une incertitude présente jusqu’alors dans l’esprit des contribuables et vient par conséquent sécuriser leur processus CIR des années passées.

Les changements concernent les différentes phases du processus CIR (périmètre technique, valorisation et justification). Ils touchent également à la procédure à suivre en cas de contrôle.

Passons rapidement quelques nouveautés qui auront un impact moindre, même si bien entendu, elles sont à connaître. Citons, par exemple, la confirmation des options de valorisation du personnel en dehors de l’entreprise déclarante (en ayant recours soit à la mise à disposition à l’euro l’euro, soit à la sous-traitance) ou encore le rôle du brevet en tant qu’indicateur de R&D qui devient plus nuancé.

1) Nouveautés quant aux natures de dépenses

Différentes natures de dépenses éligibles sont impactées par des changements dans ce millésime 2019 du guide, notamment les dépenses de sous-traitance et les frais de fonctionnement.

• Dépenses de sous-traitance

Dans la continuité de ce que nous avions pu commencer à identifier lors de procédures de contrôle récentes, la notion de sous-traitance R&D fait clairement l’objet d’un cadre de plus en plus restrictif. Cela avait été initié par la nécessité du caractère individuel et intrinsèquement éligible de la prestation, et le guide 2019 vient, désormais, en plus, différencier la sous-traitance de spécialité et celle de capacité.

La position adoptée par le MESRI consiste à exclure la sous-traitance de capacité (consécutive d’une simple exécution d’une demande du donneur d’ordre qui garde la coordination scientifique, sans apport d’expertise complémentaire du prestataire). Autrement dit, seule la sous-traitance de spécialité est désormais éligible. Dans ce cas, le prestataire est choisi pour ses compétences scientifiques et techniques supérieures (dont ne dispose pas le donneur d’ordre), lui permettant d’assurer la coordination scientifique de l’opération de R&D.

A noter que ces précisions ne figurent pas dans les textes législatifs, ce qui fait apparaître un risque d’insécurité pour les déclarants. En effet, d’une part, on peut y voir un argument potentiel pour exclure des dépenses de R&D dites de routine ou les prestations dites en régie. D’autre part, il existe un risque d’interprétation et de positionnement divergent entre les trois acteurs que sont le MESRI, l’administration fiscale et le juge.

Enfin, il convient de fournir, pour chaque opération de recherche externalisée, un résumé des travaux réalisés par le sous-traitant.

• Frais de fonctionnement

Le MESRI mentionne dans son guide un abaissement du taux forfaitaire calculé sur les dépenses de personnel de 50% à 43%, et ce sur l’année 2019. Considérant que le projet de loi de finances pour 2020 fait actuellement l’objet de discussions au Parlement, cette modification du taux devrait plutôt concerner les dépenses engagées à compter du 1^er janvier 2020, la rétroactivité n’étant pas envisagée.

2) Nouveautés quant au périmètre technique

Le guide met l’accent sur les pièces justificatives à collecter et préparer pour documenter les dépenses déclarées dans le CIR, conformément aux attentes de l’administration fiscale et du MESRI.

A noter que cela risque d’engendrer une charge de travail plus importante pour les déclarants, dans la continuité des retours d’expérience des contrôles déclenchés depuis 2019.

Le guide commence par mentionner la nécessité de fournir une fiche scientifique et technique de chaque opération de R&D avec le descriptif des travaux réalisés.

Spécifiquement pour les dépenses de sous-traitance, le guide mentionne comme pièces justificatives :

– la copie de chaque cahier des charges et la liste des livrables (ou document d’expression de besoins en termes de R&D transmis au sous-traitant) :

– le relevé de décisions des points d’étapes effectués sur les travaux en cours (jalons techniques),

– la copie de chaque facture des travaux sous-traités,

– la copie des attestations d’agréments pour l’année concernée.

Au surplus, l’entreprise déclarante doit renseigner les éléments demandés dans le fichier Excel synthétisant l’ensemble des coûts éligibles au CIR mis à disposition par le MESRI.

A ce titre, elle doit indiquer pour chacun des travaux de recherche externalisés :

– le nom de l’organisme sous-traitant,

– l’opération de R&D à laquelle peuvent être rattachés, le cas échéant, les travaux réalisés en sous-traitance,

– un résumé des travaux réalisés par le sous-traitant,

– le montant facturé.

3) Nouveautés quant aux procédures et statuts particuliers

Le guide fait un focus particulier, contrairement aux années précédentes, sur les procédures encadrant le dispositif du CIR. Il vise notamment les contrôles, les différents types de rescrits ainsi que les demandes d’agréments. Il fait également mention des statuts Jeune Entreprise Innovante (JEI) et Jeune Entreprise Universitaire (JEU).

En synthèse, la version 2019 du guide du MESRI vient clarifier certains points mais surtout encadrer encore plus la valorisation et la justification de dépenses de sous-traitance, ainsi que les opérations de R&D déclarées dans le CIR. On comprend que l’effort à déployer par chaque déclarant pour sécuriser son CIR sera encore plus important, d’où la nécessité accrue d’avoir recours à un conseil expert dans le domaine.

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